A Daverio sono presenti tre chiese: S. Maria Assunta (del XV secolo), fatta edificare dalla famiglia nobiliare dei Sessa, nella parte alta e più antica del paese, che ne costituisce il centro storico. È un esempio di quella architettura minore che caratterizza tutto il territorio e si inserisce perfettamente nel contesto urbanistico. Ha subito importanti interventi di restauro, conclusi nel 2000. Grazie a questi interventi sono emerse tracce di elementi architettonici più antichi, come il rosone sulla facciata, rimasto per anni coperto dall'intonaco preesistente. Inoltre, scavi archeologici condotti sotto il pavimento della chiesa, hanno portato alla luce, oltre alle consuete sepolture, anche resti di due edifici precedenti. Sulla collina su cui sorge l'edificio c'era dunque una cappella, anteriore all'anno Mille, a una sola navata e una minuscola abside quadra. In seguito, nello stesso luogo, fu costruita una chiesa romanica di più grandi dimensioni, con due navate e due absidi. A Daverio era già presente un'altra chiesa più importante, quella di San Pietro, la cui esistenza emerge già in documenti del XII secolo. Sarà infatti quest'ultima a diventare la chiesa Parrocchiale, tuttora esistente.
Nel '400 la Chiesa di S. Maria venne nuovamente ingrandita e assunse così l'aspetto attuale: a rendere possibili tali interventi fu la famiglia nobiliare Sessa, che aveva la sua dimora negli edifici contigui alla chiesa. E' ancora oggi visitabile la corte con un porticato quattrocentesco, con tracce di affreschi e stemmi scolpiti, che ne evidenziano la parentela con i Bossi, altra famiglia signorile della zona.
La chiesa venne così decorata e impreziosita con elementi in cotto, di gusto gotico lombardo, e ornata di affreschi. Questi sono stati in gran parte rovinati dal trascorrere del tempo, ma si è conservato in buone condizioni il notevole paliotto dell'altare, raffigurante un Cristo in Pietà, sostenuto dalla Madonna e da San Giovanni, affiancato da un santo vescovo in preghiera. Gli autori sono anonimi, ma si rifanno ai tratti tipici della pittura varesina tra '400 e '500.
Al 1523 risalgono invece i riquadri con immagini della Madonna e dei Santi sulla parete meridionale; nello stesso anno fu affrescato inoltre il grande S'Antonio Abate della controfacciata, raffigurato insieme al tradizionale porcello, ma collocato su un insolito sfondo con lago e barche. In questo caso, il committente, Giacomo Sessa, oltre ad apporre il proprio stemma, insieme a quello dei Visconti, volle aggiungere anche un commento, sotto forma di sonetto, nel quale si accenna a un naufragio, forse spirituale, da cui il santo l'avrebbe salvato.
Sul lato della porta si trova invece un affresco votivo del 1577, in cui compaiono la Madonna e i Santi Rocco e Sebastiano, a ricordare probabilmente gli eventi legati all'epidemia di peste che colpì duramente tutto il territorio in quegli anni. Fu proprio alla memoria di un altro Santo che si distinse per il soccorso agli appestati, Carlo Borromeo, che venne dedicata la cappella, risalente alla prima metà del '600, contenente una statua lignea di grande realismo, di cui i restauri hanno esaltato il volto emaciato e la barba rada.
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